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生产中常用的益生菌分为三类：一类是乳酸菌。它是指以乳酸为主要产物的革兰氏阳性菌。按其代谢模式可分为双歧、同型发酵乳酸菌、兼性异型发酵乳酸菌以及专性异型发酵乳酸菌。应用类型有乳酸双歧、干酪乳、发酵乳、植物乳、罗伊氏乳。第二类是芽孢。芽孢是革兰氏阳性菌，能形成孢子，是传统发酵豆制品的重要菌株，发酵料价格，能分泌多种水解酶，发酵料，包括多糖酶、蛋白酶及---酶，能有效利用非淀粉多糖和寡糖，有效降解大豆等饲料原料中的抗营养因子。生产中应用的主要为枯草芽孢和地衣芽孢。第三类为酵母菌。酵母菌属兼性好氧菌，在好氧条件下进行好氧呼吸能将有机物完全氧化成---、水，而在缺氧条件下将糖发酵成---。酵母菌可产生氧化还原酶、脂肪酶蛋白酶、内源糖苷酶、木聚糖酶、内源葡聚糖酶、脱氢酶、脱羧酶、磷酸酶等。